Закон "Об оружии" вообще не устанавливает никаких правил транспортирования, он только требует, чтобы эти правила установило Правительство РФ. И оно установило (ПП 814).
Это ОБЩИЕ правила, и по ним можно транспортировать оружие со снаряженным магазином.
А Правила охоты - это СПЕЦИАЛЬНЫНЕ правила, для ОТДЕЛЬНОГО случая - транспортирования через ОХОТНИЧЬИ УГОДЬЯ.
На транспортирование оружия в населенных пунктах, на дорогах общего пользования, на промышленных и транспортных объектах - правила охоты не действуют и действовать не будут. Транспортировать по городу и по трассе оружие со снаряженным магазином - по-прежнему НЕ ЗАПРЕЩАЕТСЯ.
На лесных, полевых и прочих ведомственных дорожках будут действовать Правила охоты. Госохотинспекторы или менты могут охотника остановить и выдрючить за нарушение.
Кстати, вас ист дас "отдельно от оружия" - еще предстоит определить на практике (то есть, кому-то на своей шкуре путем обжалований вплоть до Верховного суда РФ).

Достаточно ли для "отдельности", чтобы патроны не были в магазине или патроннике? Патронташ на прикладе - это "отдельно"? А отдельный патронташ или пачка патронов в том же чехле? А в другом отделении, кармане чехла? А при себе - в рюкзаке или кармане? С "отдельностью" можно докатиться до
требования "оружие в салоне - патроны в запертом багажнике", а ретивых дебилов в охотнадзорах регионов много...